Vườn quốc gia gặp một số thách thức trong vấn đề quản lý và bảo tồn. Một trong số đó là việc vườn quốc gia gần thị trấn Killarney, một trong những điểm du lịch nổi tiếng nhât Ireland. Có hàng trăm ngàn du khách đến đây mỗi năm. Hầu hết, họ dành thời gian để ghé thăm vườn quốc gia này. Việc quản lý cần hết sức cẩn thận để đảm bảo giữa hai mục tiêu bảo tồn và giải trí.[1]

Trong quá khứ, với việc giới thiệu một số loài du nhập vào vườn quốc gia đã làm biến đổi hệ sinh thái tự nhiên của Killarney. Đáng chú ý nhất trong số đó phải kể đến loài Đỗ quyên (Rhododendron ponticum) đã lan rộng khiến nhiều loài thực vật bản địa mất môi trường sống và loài Hươu sao là loài có tính đe dọa tiềm tàng đối với di truyền thuần chủng loài Hươu đỏ. Một loài khác được phát hiện gần đây là Chồn nâu châu Mỹ hiện đã thiết lập khu vực vững chắc đe dọa đến môi trường sống của loài Rái cá bản địa. Con người đã gây ra sự tuyệt chủng của loài Sói xám và Đại bàng vàng tại Ireland.[12]

Hỏa hoạn do con người gây ra cũng là một mối đe dọa đáng lưu ý. Mặc dù khí hậu ẩm ướt, nhưng đám cháy có thể lây lan khá nhanh, bao phủ các khu vực rộng lớn. Những đám cháy này hiếm khi xảy ra ở các khu vực được bao phủ bởi rừng cây rậm rạp, nhưng chúng dễ dàng lan ra nhanh chóng tại các khu rừng mở.[11]

Con người cũng đã sử dụng đất đai trong vườn quốc gia là nơi chăn thả cừu. Một loài phổ biến khác nữa là hươu. Các khu rừng trong vườn quốc gia bị đe dọa nặng nề bởi loài hươu sao.[7] Việc chăn thả khiến nhiều khu vực trở thành bãi đất hoang, đất suy thoái và làm giảm quá trình tái sinh của rừng. Ở khu vực núi cao, việc chăn thả còn ảnh hưởng trầm trọng hơn khi nó gây ra hiện tượng xói mòn. Loài hươu đỏ và thỏ Ireland bị ảnh hưởng từ những người chăn thả gia súc kể từ khi hai kẻ thù tự nhiên của chúng là Sói xám và Đại bàng vàng bị tuyệt chủng. Chăn thả cũng khiến thảm thực vật và đất đai xáo trộn càng làm lan rộng loài đỗ quyên.ref name=Cross/>

Cây đỗ quyên có lẽ là mối đe dọa lớn nhất đối với hệ sinh thái của vườn quốc gia.[32] Đây là loài cây bụi thường xanh phân bố ở khu vực Địa Trung Hải và Biển Đen.[33] Chúng đã tuyệt diệt ở Ireland vì biến đổi khí hậu hàng ngàn năm trước.[32] Tuy nhiên, nó được đưa trở lại Killarney trong thế kỷ 19, và nhanh chóng phát triển rộng khắp nơi đây nhờ số lượng lớn hạt nhỏ và dễ phân tán. Nó che phủ hệ thực vật trên mặt đất và do đó ngăn chặn sự tái sinh của các loài cây gỗ bản địa.[7] Hơn 6,5 kilômét vuông (1.600 mẫu Anh) của vườn quốc gia hiện đang bị hoàn toàn che phủ bởi chúng. Tại một số khu vực của vườn quốc gia, nó gây ra sự tàn phá hệ thực vật vì ánh sáng mặt trời không thể xuyên qua những bụi cây đỗ quyên dày đặc, nên rất ít các loài có thể sống dưới tán của chúng. Rừng sồi trong vườn quốc gia đang gặp nguy hiểm lâu dài vì không thể tái sinh. Có một chính sách kiểm soát và diệt trừ đỗ quyên trong vườn quốc gia đang được tiến hành.[32]